本次修正後條文如下，原條文請參考修正對照表：
六、執行機構得依實際需要，申請下列各項補助經費：
(一)業務費：包含研究人力費與耗材、物品、圖書及雜項費用。
1、計畫主持人：月支數額最高新臺幣二萬元。
2、共同主持人：月支數額最高新臺幣一萬五千元。
3、研究人力費：包含聘請博士級研究人員、專任人員、兼任人員及臨時工之費用。
4、市場調查分析、專利申請與維護費用。
5、與計畫直接有關之其他費用。
(二)研究設備費：
1、原則不予編列。但因商業化需要，且執行機構無現有設備可供使用，經本會同意者，不在此限。
2、依前目但書規定申請研究設備費者，應來函述明計畫執行結束後，執行機構對該設備之後續使用規劃及管理機制。
(三)國外差旅費：因執行計畫需要赴國外或大陸地區之差旅費。
1、參訪差旅費：計畫內人員參觀訪問與計畫執行相關機構或組織，得申請本項經費。
2、國際合作出國差旅費：計畫內人員執行國際合作需要者，得申請本項經費。
(四)管理費：為執行機構配合執行研究計畫所需之費用，由執行機構統籌支用，且不得違反政府相關規定。以計畫總經費百分之十五為上限。
本計畫年度所需經費如未獲立法院審議通過或經部分刪減，本會得依審議結果調減補助經費，並按預算法第五十四條規定辦理。
七、計畫每年度經費，依下列各款所定條件分二期撥付：
(一)計畫合約簽訂完成後，檢附「科研創業計畫補助合約書」正本、請款明細表及領款收據，始得請撥百分之五十之經費。
(二)計畫完成期中報告，並經審查同意，且完成訂定第三點之管理、推廣與運用機制者，檢附請款明細表、領款收據及經本會審查同意之證明文件，始得請撥百分之五十之經費。
十、執行機構成立衍生新創公司時，應配合下列原則進行技術作價程序。於徵案審查規定期程內提出相關證明文件，報本會備查：
(一)研發成果授權或讓與之範圍、條件及期限。
(二)執行機構、科創團隊及交由本會繳交行政院國家科學技術發展基金之技術股分配比例。
(三)計畫主持人及其他計畫人員借調及兼職事宜。執行機構受分配之技術股，以技術作價投資新創公司時，取得之技術股股份總數之百分之六為原則。但提供個案所需客製化輔導服務者，取得之技術股股份，得敘明相關輔導內容與規劃，經本會同意後最高得占技術股股份總數之百分之十六。